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追蹤疾病遺傳原因的一種行之有效的方法是敲除動物體內(nèi)的單個基因，并研究它對這種生物的影響。問題是，許多疾病的病理變化是由多個基因決定的。這使得科學(xué)家們極難確定其中任何一個基因在多大程度上與疾病有關(guān)。要做到這一點，他們必須進(jìn)行許多動物實驗---對每一種所需的基因進(jìn)行修飾。>>>商務(wù)洽談，點此處，在線咨詢

在一項新的研究中，來自瑞士蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院和巴塞爾大學(xué)等研究機(jī)構(gòu)的研究人員開發(fā)出了一種方法，可以大大簡化和加快實驗動物的研究工作：使用 CRISPR-Cas 基因剪刀，在一只動物的細(xì)胞中同時改變幾十個基因，就像打馬賽克一樣。雖然每個細(xì)胞中改變的基因不超過一個，但一個器官中的不同細(xì)胞會以不同的方式發(fā)生改變。這樣就可以對單個細(xì)胞進(jìn)行精確分析。這樣，他們就能在一次實驗中研究多種不同基因變化的影響。相關(guān)研究結(jié)果于2023年9月20日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標(biāo)題為“Transcriptional linkage analysis with in vivo AAV-Perturb-seq”。論文通訊作者為蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院生物系統(tǒng)科學(xué)與工程系生物工程教授Randall Platt。

首次用于成年動物

這些作者報告說，他們首次成功地將這種方法應(yīng)用于活體動物，特別是成年小鼠。此前，其他科學(xué)家已經(jīng)針對體外培養(yǎng)的細(xì)胞或動物胚胎開發(fā)出了類似的方法。

為了“告知”小鼠細(xì)胞CRISPR-Cas基因剪刀應(yīng)該破壞哪些基因，這些作者使用了腺相關(guān)病毒(AAV)，這是一種可以靶向任何器官的遞送策略。他們制備了這種病毒，使得每個病毒顆粒都攜帶破壞特定基因的信息，然后用攜帶不同基因破壞指令的病毒混合物感染小鼠。這樣，他們就能關(guān)閉一個器官細(xì)胞中的不同基因。在這項新的研究中，他們選擇了大腦。

發(fā)現(xiàn)新的致病基因

利用這種方法，這些作者獲得了人類一種罕見遺傳疾病---22q11.2缺失綜合征(22q11.2 deletion syndrome)---的新線索。這種疾病的患者表現(xiàn)出許多不同的癥狀，通常被診斷為精神分裂癥和自閉癥譜系障礙等其他疾病。在此之前，人們知道這種疾病是由一個包含 106 個基因的染色體區(qū)域引起的。人們還知道這種疾病與多個基因有關(guān)，但不知道哪些基因在這種疾病中起作用。

通過全身給送AAV.PHP.B和5' gRNA捕獲，在成年小鼠大腦中實現(xiàn)了體內(nèi)單核混合CRISPR篩選。圖片來自Nature, 2023, doi:10.1038/s41586-023-06570-y。

在這項對小鼠的研究中，這些作者重點研究了這一染色體區(qū)域中同樣在小鼠大腦中活躍的 29 個基因。在每只小鼠的腦細(xì)胞中，他們修改了這 29 個基因中的一個，然后分析了這些腦細(xì)胞的 RNA 圖譜。他們能夠證實其中的三個基因在很大程度上導(dǎo)致了腦細(xì)胞的功能障礙。此外，他們還在小鼠腦細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了與精神分裂癥和自閉癥譜系障礙相似的模式。在這三個基因中，有一個已經(jīng)為人所知，但另外兩個以前并不是科學(xué)界關(guān)注的焦點。

論文第一作者、Platt實驗室博士生António Santinha說，“如果我們知道某種疾病中哪些基因的活性異常，我們就可以嘗試開發(fā)補(bǔ)償這種異常的藥物。”

申請專利

這種方法也適用于研究其他遺傳疾病。Santinha 說，“在許多先天性疾病中，起作用的是多個基因，而不僅僅是一個基因。精神分裂癥等精神疾病也是如此。我們的技術(shù)如今可以讓我們直接在完全生長的動物體內(nèi)研究這類疾病及其遺傳原因。”每次實驗修改的基因數(shù)量可以從目前的 29 個增加到幾百個。

Santinha說，“我們?nèi)缃窨梢栽诨铙w生物中進(jìn)行這些分析，這是一個很大的優(yōu)勢，因為細(xì)胞在培養(yǎng)過程中的行為與它們作為活體的一部分的行為是不同的。”另一個優(yōu)勢是，科學(xué)家們只需將 AAV 注射到動物的血液中即可。AAV 有多種不同的功能特性。在這項研究中，這些作者使用了一種能進(jìn)入動物大腦的AAV。Santinha說，“不過，根據(jù)你要研究的內(nèi)容，你也可以使用針對其他器官的AAV。”

蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院已為這項技術(shù)申請了專利。這些作者如今想把它作為他們正在建立的分拆公司的一部分。

擾亂基因組

這項新研究介紹的技術(shù)是一系列新的基因編輯方法之一，這些方法用于以類似馬賽克的方式改變細(xì)胞的基因組。CRISPR 擾亂(CRISPR perturbation)是這種研究方法的專業(yè)術(shù)語，它涉及使用CRISPR-Cas基因剪刀對基因組進(jìn)行擾動。這種方法目前正在給生命科學(xué)研究帶來革命性的變化。它使從一次科學(xué)實驗中獲取大量信息成為可能。因此，這種方法有可能加速生物醫(yī)學(xué)研究，例如尋找復(fù)雜基因疾病的分子原因。

一周前，蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院生物系統(tǒng)科學(xué)與工程系的另一個研究團(tuán)隊與來自奧地利維也納的一個團(tuán)隊合作發(fā)表了一項研究，他們在類器官中應(yīng)用了CRISPR擾動技術(shù)(Nature, 2023, doi:10.1038/s41586-023-06473-y)。

類器官是由干細(xì)胞培育而成的微組織球體，具有與真實器官相似的結(jié)構(gòu)，換句話說，它們是一種微型器官。它們是一種不使用動物的研究方法，是對動物研究的補(bǔ)充。由于這兩種方法---在動物體內(nèi)進(jìn)行CRISPR擾亂和在類器官中進(jìn)行CRISPR擾亂---都能以更少的實驗提供更多的信息，因此這兩種方法都有可能最終減少動物實驗的數(shù)量。

來源：生物谷

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